3-indooctena kiselina je vrsta auksina u biljkama. Auxin ima mnogo fizioloških učinaka koji su povezani s njegovom koncentracijom. Niska koncentracija može pospješiti rast, a visoka koncentracija će inhibirati rast, čak i biljke ubiti. Ovaj inhibitorni učinak povezan je s tim može li potaknuti stvaranje etilena. Fiziološki efekti auksina manifestuju se na dva nivoa. Na ćelijskom nivou, auksin može stimulirati diobu ćelija kambija; stimuliraju izduživanje grana i inhibiraju rast korijenskih ćelija; promoviraju diferencijaciju ćelija ksilema i floema, promoviraju reznice korijena i reguliraju morfologiju kalusa. Na nivou organa i cijele biljke, auksin djeluje od sadnica do sazrijevanja plodova. Auxin kontrolira reverzibilnu inhibiciju crvenog svjetla hipokotilnog produljenja u sadnicama; kad se prenese na donju stranu izdanaka, proizvodi granski geotropizam; kad se prebaci na pozadinsko osvjetljenje izdanaka, proizvodi fototropizam grana; 3-indooctena kiselina uzrokuje apikalnu prednost i odgađa starenje listova. Auxin potiče cvjetanje, potiče razvoj partenokarpskog ploda i odgađa zrelost ploda.